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有证据表明，自闭症受遗传影响，但还不清楚其遗传图谱。前几年曾有一种假说：麻疹疫苗会导致自闭症。不过这种设想现在被证明是错误的。
各种假说时有出现，其中一种说法认为：自闭症产生过程中会有线粒体缺陷。线粒体是细胞的能量供应站。它们分解糖分子，将能量转化、释放成能用于生化反应的形式。导致线粒体故障的原因可能是破损的基因、环境的影响、或者两者的结合。
神经细胞需要很多能量，因此线粒体缺陷一定会影响神经元。但问题是，线粒体缺陷会导致自闭症吗？为研究这个问题，美国加州大学戴维斯分校的Cecilia Giulivi及其同事分析了10个2-5岁的自闭症儿童的线粒体，工作结果近期发表在《美国医学会杂志》上。他们的研究方法是从这些儿童的血液中提取淋巴细胞，因为显然不可能从他们的大脑中抽取神经细胞来做研究。而淋巴细胞与神经细胞一样要用大量能量，因而十分倚重线粒体。Giulivi博士与同事们在检测了淋巴细胞线粒体的活性后发现：自闭症儿童的线粒体的平均氧消耗低于对照组，也就是说活性较低。他们细胞线粒体的NADH氧化酶只用到了常人所需的氧气量的三分之一，其中八名儿童的NADH氧化酶活性明显低于正常值。这表明自闭症儿童的大脑暴露在很大的氧化压力下，可能会造成累积损害。
不过，我们要谨慎对待这些研究结果。首先，10个自闭症患者是一个非常小的样本。其次，线粒体疾病比自闭症罕见多了。而且，此前的一个类似实验中，自闭症与线粒体障碍的相关性并没有这么大。2005年发表的一项研究分析了69个自闭症儿童，发现其中5位有线粒体异常，说明线粒体一场不是自闭症的唯一原因。但05年的研究分析的自闭症样本涉及到的自闭症谱系比较广泛，而且分析的是肌肉细胞，其代谢水平与神经细胞、淋巴细胞很不同。还有一点很重要，像这一工作类似的研究只是发现自闭症与线粒体障碍存在相关性，但不是因果关系，可能有第三种因素既造成了自闭症又影响了线粒体。
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